Võrtsjärve limnoloogiakeskus, ajaloolise nimega Limnoloogiajaam, asub Võrtsjärve idakaldal Vehendi külas. Keskus kuulub Eesti Maaülikooli põllumajandus- ja keskkonnainstituudi hüdrobioloogia ja kalanduse õppetooli koosseisu.
Keskuses uuritakse Eesti siseveekogude, eelkõige Võrtsjärve, Peipsi järve ja väikejärvede seisundit, elustikku, veekvaliteeti ning ökoloogilisi protsesse. Keskus osaleb Eesti ja rahvusvahelistes teadusprojektides ning toetab tulevaste veeteadlaste õpet, praktilist väljaõpet ja teadustööd.
Pärast Eesti NSV Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudi asutamist 1947. aastal muutusid hüdrobioloogilised uuringud instituudi teadustöö oluliseks osaks. Aastatel 1951 kuni 1954 tehtud uuringud näitasid, et veekogusid tuleb uurida aasta ringi, mitte ainult suviste ekspeditsioonide ajal. Seetõttu tekkis vajadus rajada Võrtsjärve kaldale alaline välibaas.
14. septembril 1954 võeti Zooloogia ja Botaanika Instituudi välibaasina kasutusele Võrtsjärve idakaldal asunud Petseri talu. Seda kuupäeva loetakse Limnoloogiajaama asutamispäevaks. Talus puudusid elekter ja veevärk ning seal ei olnud katsete tegemiseks sobivaid tingimusi. Seetõttu hakati kavandama uue jaama rajamist.
14. aastal otsustas Eesti NSV Teaduste Akadeemia ehitada Petseri talust umbes ühe kilomeetri kaugusele uue Limnoloogiajaama. Ehitustööd algasid 1959. aastal. Peahoone nurgakivi pandi 6. mail 1961 ning hoone avati ametlikult 1963. aasta lõpus. Lisaks rajati elamud, akvaariumipaviljon, katsebasseinid ja sadamarajatised.
Limnoloogiajaamaga seotud töötajate ja elanike arv oli suurim 1980. aastate keskpaigas, mil seal elas või töötas üle 80 inimese. Sel ajal juhtis jaama Henn Haberman.
Aastatel 2001 kuni 2017 juhtis Limnoloogiajaama ja hilisemat limnoloogiakeskust Ain Järvalt. Aastatel 2017 kuni 2025 juhtis hüdrobioloogia ja kalanduse õppetooli Kalle Olli. Alates 2025. aastast on õppetooli hoidja Alo Laas.