Põllumajandus- ja keskkonnainstituut (PKI) alustas tegevust 1. jaanuaril 2005, olles üks viiest ümberkorralduste käigus (Eesti Põllumajandusülikooli restruktureerimine Eesti Maaülikooliks) ülikoolis loodud instituudist. PKI on varasemate Eesti Põllumajandusülikooli Agronoomiateaduskonna, Eksperimentaalbioloogia Instituudi, Keskkonnakaitse Instituudi, Polli Aianduse Instituudi, Zooloogia ja Botaanika Instituudi ja Taimebiotehnoloogia Uurimiskeskuse EVIKA tegevuse jätkaja. Instituudi praegune struktuur:

• Polli Aiandusuuringute Keskus 
• Limnoloogiakeskus 
• Rõhu katsejaam 
• Aianduse osakond 
• Botaanika osakond

• Keskkonnakaitse osakond 
• Maastikuarhitektuuri osakond 
• Maastikukorralduse ja loodushoiu osakond
• Mullateaduse ja agrokeemia osakond 
• Mükoloogia osakond 

• Taimefüsioloogia osakond
• Taimekaitse osakond
• Taimekasvatuse ja rohumaaviljeluse osakond
• Zooloogia osakond