Peipsi järve põhiline keskkonnaprobleem on eutrofeerumine, mis mõjutab järve vee kvaliteeti, elurikkust, kogu ökosüsteemi toimimist ning ka inimeste tervist ja elatusallikaid. Riigikontrolli hinnangul ei ole Eesti riigi praegused veekaitsemeetmed piisavad selleks, et saavutada Euroopa Liidu nõuete kohase järve hea seisundi ka 2021. aastaks (Riigikontrolli aruanne Riigikogule, Tallinn, 26. märts 2012).
Sellega seoses rõhutati kontrolli tõhustamise vajadust põllumajandusliku hajureostuse üle. Siiski mõjutab veekaitsemeetmete tulemuslikkust ka fosfori (P) sisekoormus, mis võib põhjustada järvevee jätkuvat toiteainetega rikastumist. Kontrolli antud probleemi üle raskendab Peipsi P sisekoormuse uuringute vähesus.
2014/2015. a. viis limnoloogiakeskus läbi P sisekoormuse uuringuid KIK finantseeritud projekti raames, mille põhieesmärgiks oli setete rolli väljaselgitamine Peipsi fosforibilansis, kusjuures esmakordselt ajaloos oli uuringu objektiks kogu Peipsi-Pihkva järvekompleks. Komplekssne oli ka probleemile lähenemise metoodika. Radiomeetriliselt dateeritud setteprofiilide abil kvantifitseeriti P sisekoormus kahel perioodil, mida iseloomustas erinev valglalt tulenev reostus: Nõukogude perioodi lõpp 1985 ̶ 1989 mil kasutati ohtralt mineraalväetiseid ja vastandina 2000-2005, mil väetiste kasutamine oluliselt madalam. Seejärel uuriti vee kvaliteedi näitajate seost saadud P sisekoormuse väärtustega. Sisekoormuse mehhanismide väljaselgitamiseks aga uuriti ka sesoonselt P liikuvust Peipsi pindmistes põhjasetetes.
Käesolev uuring on üks esimesi teadusmaailmas, mis näitab kvantitatiivselt fosfori sisekoormuse võtmerolli vee kvaliteedi kujundamisel. Sisekoormus mõjutab oluliselt nii vee üldfosfori kui ka bioloogiliselt kättesaadava P kontsentratsiooni. Setteprofiilide analüüsimisel põhinevate hinnangute kohaselt suurenes madala väliskoormuse korral P sisekoormus ning ka vee P kontsentratsioon. Tõus sisekoormuses oli peamiselt põhjustatud setete resuspensiooni soodustavate faktorite võimendusega (suuremad tuule kiirused ja madalam veetase).
Sesoonsed mõõtmised näitasid, et sügavamad setted on mobiilse P allikaks. Mobiilne P on väga tundlik muutustele vee temperatuuris ja ka settiva materjali intensiivsuses. Kuigi setete resuspensioon on P peamine transpordimehhanism (eriti sügisel), näitas käesolev uuring, et fosfaatide difusioon (settevahelise poorivee ja järvevee vahelisest kontsentratsiooni gradiendist tekitatud transport) võib olla peamiseks bioloogiliselt kättesaadava P allikaks augustis. Seega Peipsi seisundi parandamiseks lisaks väliskoormuse vähendamisele peab pöörama tähelepanu ka sisekoormuse vähendamisele suunatud meetmetele.