Limnoloogiakeskuse naabermajas asub Eesti Maaülikooli Võrtsjärve Õppekeskus, mille külastajatele avatud osa on järvemuuseum. Muuseumis tutvustatakse Eesti siseveekogudes elavaid organisme ja sisevete kalandust. Klassikaliste stendides seisvate muuseumiobjektide asemel on sealsed põhitegijad täiesti elus Eestis elavad mageveekalad. Siseruumides eksponeeritakse erinevaid liike 15 akvaariumis, lisaks on soojal ajal kalade käsutuses mahukad välibasseinid. Esindatud on rohkem kui pooled meie mageveekalade liikidest, lisaks mõned selgrootud ja veetaimed. Ekspositsiooni elutus osas on püügivahendeid, ürgkalade ja kalakivististe näitus.
Õpilastele on looduse tundmaõppimiseks koostatud erinevaid õppeprogramme, populaarseim on muidugi kalade programm, kuna meie eluskalade ekspositsioon on Eestis unikaalne, isegi loomaaias pole meie omi kalaliike näha.