Tänase Eesti Maaülikooli haldusalas olevate suuremate loodusteaduslike kollektsioonide tekkelugu on erinev. Esimese rühma moodustavad õppekogud, mis on tekkinud seoses põllumajandusliku, veterinaarse ja metsandusliku hariduse andmisega. Teise rühma moodustavad kollektsioonid, mis jõudsid EMÜ haldusalasse Eesti teadusasutuste reformimise käigus.
Kogudes tehtava õppe- ja teadustöö suhe on erinev, ka puudub nende vahel terav piir ning kraadiõppega on seotud kõik. Bakalauruseõppega on enim seotud mullamuuseum, mille baasil loetakse mitmeid kursusi (Eesti mullastik, peatükid mullateaduse põhi- ja üldkursustest) ning Zoomeedikum, mis osaleb loomaarstide koolitamises. Klassikalisteks muuseumi-vaatekogudeks on Võrtsjärve Limnoloogiakeskuses asuv Järvemuuseum ja Zoomeedikum. Ka teistes kogudes on piisavalt atraktiivset materjali, mis väärib eksponeerimist internetis.
EMÜ nõukogu võttis 29. juunil 2005 vastu määruse, milles ühe punktina on kirjas: töötada välja loodus- ja põllumajandusteaduslike kogude arendamise kava. Selle tulemusena loodi interdistsiplinaarne üksus “Loodusteaduslikud kogud”, mille põhimääruse kinnitas ülikooli nõukogu 29. novembril 2007 ja mis alustas tegevust 2008.aastal. Üksuse tegevuse eesmärgiks on tagada ülikooli kõigi loodusteaduslike kogude säilitamine, korrastamine, täiendamine ja kogude andmebaaside loomine ning nende kättesaadavaks tegemine uurijatele. Kogude arendamise kava kinnitas ülikooli nõukogu 26. mail 2008.
Eesti maaülikooli põllumajandus- ja keskkonnainstituudi soon- ja sammaltaimede herbaarium, rahvusvahelise akronüümiga TAA, on Eesti suuruselt teine botaaniline kollektsioon.
Putukate kogu on moodustunud paljude entomoloogide üle 50 aasta väldanud nii faunistilise kui ka biosüstemaatilise uurimistöö tulemusena. Lisaks nendele on siia deponeeritud ka rida erakollektsioone.
Polli Aiandusuuringute Keskus tegeleb puuviljanduse teadustööga, sealhulgas sordiaretuse, kasvatustehnoloogiate, taimekaitse ja maheviljeluse uurimisega.
Hüdrobioloogiline kogu on teaduslik andmekogu, mis sisaldab veekogudest kogutud proove, fotosid ja andmeid. Seda kasutatakse teadusuuringuteks, keskkonnaseireks ja veekogude seisundi hindamiseks.
Eesti Maaülikooli veekogude fotokogu talletab pilte järvedest ja jõgedest, aidates uurida nende muutusi ajas ning toetades teadustööd, keskkonnaseiret ja looduskaitset.
Seenekogus ehk fungaariumis hoitakse seeni kahel erineval moel – suurem jagu on kuivatatud viljakehadena hoiukappides.
Mullamuuseum koondab infot muldade omaduste, arengu ja leviku kohta, toetades teadust ja õpet. Eesmärgiks on parandada teabe kättesaadavust ning edendada jätkusuutlikku loodusressursside kasutamist.