Rakendusprojektid, mille täitjate hulgas on olnud EMÜ PKI Keskkonnakaitse osakonna töötajad (alates aastast 2005; järjestatud lõpukuupäeva alusel):

 
   Projekt  .   Leping .   Kestus .  Vastutav täitja .
Säästlike sadeveesüsteemide propageerimine Eesti-Läti piiriülestel aladel, et muuta keskkonda atraktiivsemaks ning jätkusuutlikumaks - "(D)rain for life" 8-2/T12088PKKS 01.09.12 - 31.08.13 Valdo Kuusemets
Maastike kaitsekorraldusmudeli arendamine vastavalt Natura 2000 elupaikade kaitsele ja EÜ maastike konventsioonile - I etapp 8-2/T9009PKPK 01.01.09 - 31.03.10  Kalev Sepp
Pärandkoosluste ökoloogilised ja maastikulised nõudlused ning nende säästlik majandamine 8-2/T8014PKPK 24.01.08 - 01.12.10 Valdo Kuusemets
A Long-term Biodiversity, Ecosystem and Awareness Research Network of Excellence (ALTER_Net), Work Package R4 8-2/T7130PKPK 23.04.04 - 31.03.09 Mart Külvik       (Eesti-poolne juht)
Energy Trophy+ 260306 01.12.06 - 28.02.09 Veljo Kimmel,    
Tiit Kallaste
Soontaimede seire Lõuna- ja Kesk-Eesti piirkonnas 2008. aastal 8-2/T8112PKPK 03.07.08 - 25.08.08 Merle Ööpik
Väikejärvede hüdrobioloogiline seire 8-2/T7112PKPK 13.07.07 - 01.02.08  Ingmar Ott
Uute erialade "Loodusturism" ja "Linna- ja tööstusmaastike korraldus" õpikeskkonna kaasajastamine 8-2/T7089PKPK 01.04.07 - 31.12.07 Kalev Sepp
Rohtsed energiakultuurid Eestis 8-2/T7059PKPK 20.04.07 - 01.12.07  Merrit Noormets
Emajõe Suursoo ja Piirissaare maastikukaitsealadel levivate poollooduslike koosluste ekspertiis 8-2/T6181PKPK06 28.08.06 - 21.12.06 Valdo Kuusemets
Emajõe Suursoo looduskaitsealal levivate soontaimede floristilise nimestiku koostamine 8-2/T6079PKPK06 01.11.05 - 30.10.06 Valdo Kuusemets
Soontaimede seire välitööde läbiviimine Lõuna- ja Kesk-Eesti piirkonnas 2006. aastal 8-2/T6121PKPK06 14.07.06 - 28.08.06 Merle Ööpik